براساس بند ۱۶ ماده ۶ لایحه قانونی شورای عالی آموزش و پرورش مصوب شورای انقلاب اسلامی ایران آیین‌نامه داخلی شورا به شرح ذیل می‌باشد:
ماده یک - جلسات شورای عالی آموزش و پرورش حداقل هفته‌ای یکبار تشکیل خواهد شد.
ماده دو - دستور جلسه باتوجه به مسائل جاری و اولویت‌ها ازطرف رئیس شورا تعیین و حداقل ۴۸ ساعت قبل از انعقـاد هـر جلسه همراه بـا صورت مذاکرات جلسه قبل توسط دبیرکل شورا به اطلاع اعضاء خواهد رسید.
ماده ۳- جلسه شورا با حضور اکثریت اعضای رسمی است ولی برای اخذ رأی حضور ۲/۳ اعضای رسمی و برای تصویب هر موضوع رأی موافق نصف بعلاوه یک کل اعضای رسمی ضرورت دارد.
ماده ۴- مطالبی که باید در شورا مطرح شود از طرف رئیس عنوان خواهد شد. هریک از اعضاء حق طرح موضوعات دیگری را به عنوان قبل از دستور دارد ولی بحث و اتخاذ تصمیم نسبت به آنها منوط به رأی شورا است.
تبصره - هریک از اعضاء می‌توانند پیشنهادات مورد نظر خود را به رئیس شورا تسلیم نمایند تا در اولین جلسه‌ای که برنامه کار شورا اجازه می‌دهد، در شورا مطرح گردد.
ماده ۵- صورت مذاکرات هریک از جلسات در جلسه بعد مطرح و مصوبات شورا با امضاء رئیس شورا برای اجرا به اطلاع وزارت آموزش و پرورش خواهد رسید.
ماده ۶- حضور در جلسات شورا برای اعضاء الزامی است و هریک از اعضاء درصورتی که پنج جلسه بدون عذر موجه و اطلاع غیبت داشته باشد، مستعفی شناخته خواهد شد.
ماده ۷- دبیرخانه شورا باتوجه به مفاد ماده ۳ لایحه قانونی راجع به تشکیل شورای عالی آموزش و پرورش نسبت به توسعه سازمان خود به منظور تحقق وظایف شورا اقدام و سازمان و شرح وظایف مربوط را پس از تأیید رئیس شورا به اطلاع سازمان امور اداری و استخدامی کشور خواهد رساند.
دیدگاه شما