ماده ۱) به منظور آشنایی با اندیشه‌های متعالی، پویا و سازنده اسلام، ارتقای کیفی دانش و بینش عمومی جامعه در حوزه معارف دینی، شناخت و معرفی جامع شخصیت و تبیین تفکر استاد شهید مرتضی مطهری و مطالعات راهبردی بر اساس نظریه‌های ایشان «بنیاد علمی و فرهنگی استاد شهید علامه مرتضی مطهری» که از این پس در این اساسنامه «بنیاد» نامیده می‌شود تشکیل می‌گردد.
ماده ۲) بنیاد مؤسسه غیردولتی و غیر انتفاعی و دارای شخصیت حقوقی مستقل است که طبق این اساسنامه و قوانین و مقررات مربوط اداره می‌شود.
ماده ۳- [اصلاحی ۱۳۹۳/۶/۱۱]
مرکز بنیاد در شهر قم و شعبه اصلی آن در شهر تهران خواهد بود. شعب سایر شهرها بر حسب نیاز و با تصویب هیأت امنا دایر می شود.
ماده ۴) مدت فعالیت بنیاد نامحدود است.
ماده ۵) بنیاد در راستای اهداف خود فعالیتهای زیر را انجام خواهد داد:
۱- پژوهش در آثار شهید مطهری به منظور استخراج و معرفی دیدگاه‌های استاد شهید
۲- معرفی و بزرگداشت مقام و شخصیت علمی و فرهنگی شهید مطهری
۳- برنامه‌ریزی و ارائه خدمات آموزشی برای تربیت استادان و کارشناسان مجرب و زمینه‌سازی برای تربیت متفکران اسلامی استمرار دهنده راه و اندیشه‌های استاد مطهری
۴- حمایت از فعالیتهای پژوهشی مطهری شناسی اعم از تألیف و ترجمه کتاب، مقاله پایان‌نامه‌های تحصیلی و ابداع و نوآوری در علوم اسلامی و الهی در راستای آثار و اندیشه‌های استاد مطهری
۵- همکاری با دیگر مراکز و نهادهای داخلی و خارجی فعال در زمینه مطهری شناسی
۶- ایجاد بانک اطلاعاتی و پایگاه اطلاع رسانی رایانه‌ای و مطبوعاتی و انتشار نشریات تخصصی
۷- برگزاری همایش، نمایشگاه، مسابقه، سمینار، کلاس‌های آموزشی و برنامه‌های تبلیغی
ماده ۶) ارکان
الف. هیئت امناء
ب. هیئت مدیره
ج.مدیر عامل
د. بازرس یا بازرسان
ماده ۷ـ [اصلاحی ۱۳۹۳/۶/۱۱]
ترکیب هیأت امنا:
الف ـ اعضای حقوقی
۱ـ دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی
۲ـ وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی
۳ـ معاون بین الملل دفتر مقام معظم رهبری
۴ـ رئیس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه ها
۵ ـ رئیس جامعة المصطفی العالمیه
۶ ـ معاون تألیف کتب درسی وزارت آموزش و پرورش
ب ـ اعضای حقیقی
۱ـ آقای علی لاریجانی
۲ـ آقای علی مطهری
۳ـ آقای محمد مطهری
تبصره ۱: مدت عضویت اعضای بند ۱۱ و ۱۲ به مدت چهار سال می‌باشد و انتخاب مجدد آنها برای دوره‌های دیگر بلامانع است.
تبصره ۲: یک نفر از اعضای فوق به انتخاب هیئت امناء به عنوان رئیس هیئت امناء و برای مدت ۴ سال انتخاب می‌شود.
تبصره ۳: عضویت در هیئت امناء افتخاری خواهد بود.
ماده ۸) وظایف هیئت امناء
۱ـ تعیین راهبردها، سیاست‌ها و خط مشی بنیاد
۲ـ تصویب برنامه‌های بنیاد
۳ـ تأیید ترازنامه‌ها و گزارش عملکرد مالی سالانه بنیاد
۴ـ تصویب سازمان اداری بنیاد
۵ـ تصویب آئین‌نامه مالی و معاملاتی بنیاد
۶ـ تعیین اعضای هیئت مدیره، بازرس و حسابرس
۷ـ تصویب آیین‌نامه داخلی نحوه تشکیل جلسات هیئت امناء
ماده ۹) هیئت مدیره
هیئت مدیره مرکب از ۵ عضو اصلی (شخصیت حقیقی) و ۲عضو علی‌البدل می‌باشد که برای مدت ۴ سال از طرف هیئت امناء برگزیده می‌شوند.
ماده ۱۰) وظایف هیئت مدیره
۱- پیشنهاد برنامه سالانه بنیاد
۲- اجرای کلیه مصوبات و وظایف تفویضی و محوله از سوی هیئت امناء
۳- پیشنهاد اصلاح سازمان اداری بنیاد به هیئت امناء
۴- برنامه‌ریزی برای جلب مشارکت‌های مردمی از نهادهای داخلی و خارجی
۵- پیشنهاد بودجه سالانه به هیئت امناء
۶- پیشنهاد برنامه‌های میان مدت و کوتاه مدت بنیاد به هیئت امناء
ماده ۱۱) مدیر عامل
مدیرعامل به عنوان بالاترین مقام اجرایی بنیاد به پیشنهاد هیئت مدیره و تصویب هیئت امناء و با حکم رئیس هیئت امنا برای مدت ۴ سال انتخاب می شود و انتخاب مجدد وی بلامانع است. عزل وی به پیشنهاد رئیس هیئت مدیره و تصویب اکثریت مطلق هیئت امناء امکان پذیر است.
ماده ۱۲) وظایف و اختیارات مدیرعامل
۱ـ اداره امور جاری بنیاد
۲ـ تهیه و ارائه گزارش های مالی سالانه به هیئت مدیره
۳ـ نصب و عزل مدیران بنیاد
۴ـ بکارگیری اموال و دارایی‌های بنیاد براساس آئین‌نامه مالی و معاملاتی
۵ـ امضاء کلیه مکاتبات با اشخاص حقیقی و حقوقی و سازمان‌های دولتی داخلی و خارجی و اسناد تعهد آور بنیاد
۶ـ افتتاح حساب نزد بانک‌ها و مؤسسات مالی و اعتباری
۷ـ اقامه هرگونه دعوی و دفاع از حقوق بنیاد (شخصاً و یا با انتخاب نماینده حقوقی و یا وکیل)
ماده ۱۳) بازرس یا بازرسان
بازرس یا بازرسان به تصویب هیئت امنا به مدت ۴ سال انتخاب و وظایف زیر را برعهده خواهند داشت:
۱ـ نظارت بر اقدامات و فعالیتهای هیئت مدیره و مدیر عامل در حدود اساسنامه
۲ـ نظارت بر حسن جریان امور مالی بنیاد و رسیدگی به دفاتر، حساب ها، دارایی‌ها، اوراق و اسناد و قراردادها
۳ـ تهیه گزارش‌های لازم برای طرح در هیأت امنا.
ماده ۱۴) کلیه اسناد و اوراق بهادار و تعهدآور با امضای مدیر عامل به همراه یکی از اعضای هیأت مدیره و مهر بنیاد معتبر است.
ماده ۱۵) منابع مالی بنیاد
منابع مالی بنیاد از طریق هدایا و کمک‌های بلاعوض اشخاص حقیقی و حقوقی، درآمد حاصل از فعالیتهای علمی و فرهنگی بنیاد و جذب اعتباراتی که هر ساله تحت عنوان کمک به بنیاد در بودجه سالانه دولت و دستگاه‌های دولتی ذی‌ربط منظور می‌شود و تأمین می‌گردد.
تبصره- [الحاقی ۱۳۹۳/۶/۱۱]
بنیاد همانند سایر مراکز فرهنگی و هنری حسب مورد از کلیه معافیت های مالیاتی طبق قانون برخوردار است.
ماده ۱۶) درباره سایر مواردی که در این اساسنامه پیش بینی نشده، مقررات مؤسسات غیرتجاری و غیرانتفاعی و ضوابط تأسیس مؤسسات و مراکز فرهنگی مصوب شورای انقلاب فرهنگی حاکم خواهد بود.
ماده ۱۷) هرگونه تغییر در اساسنامه پس از تصویب هیئت امناء به تأیید شورای عالی انقلاب فرهنگی می‌رسد.
ماده ۱۸) انحلال بنیاد به پیشنهاد هیئت امنا و تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی بوده و کلیه سرمایه‌ها و اموال منقول و غیرمنقول آن در اختیار دفتر مقام معظم رهبری قرار می‌گیرد.
این اساسنامه در ۱۸ ماده و ۳ در جلسه ۵۹۳ مورخ ۲۳/۸/۸۵ به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسید.