شورای عالی انقلاب فرهنگی در جلسه ۵۹۳ مورخ ۱۳۸۵/۸/۲۳ اصلاح و تکمیل مواد ۵ و ۸ اساسنامه بنیاد ملی نخبگان را به شرح ذیل تصویب نمود:
«ماده ۵ـ بنیاد دارای شخصیت حقوقی مستقل است و بصورت مؤسسه دولتی و منحصراً براساس مقررات این اساسنامه تحت نظر رئیس جمهور اداره می‌شود. رئیس بنیاد معاون رئیس جمهور است.»
«ماده ۸ ـ ترکیب هیأت امناء :
۱ـ …
۲ـ معاون اول رئیس جمهور
۳ـ معاون رئیس جمهور و رئیس بنیاد
۴ـ …»