شوراى عالى انقلاب فرهنگى در جلسه ۴۵۴ مورخ ۳۰/۹/۷۸ ماده ۵ اساسنامه جهاد دانشگاهى ابلاغیه شماره ۲۹۳۴/دش مورخ ۱۳۷۰/۸/۲۷ را با اصلاحاتى به این شرح تصویب کرد:
ماده ۵: هیئت امنا به عنوان عالی‌ترین مرجع سیاستگذارى جهاد متشکل از این افراد است:
۱- رئیس جهاد دانشگاهى )رئیس هیئت امنا( .
۲- وزیر فرهنگ و آموزش عالى یا نماینده ایشان.
۳- وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکى یا نماینده ایشان.
۴- رئیس سازمان برنامه و بودجه یا نماینده ایشان.
۵- دبیر شوراى عالى انقلاب فرهنگى.
۶- رئیس نهاد نمایندگى مقام معظم رهبرى در دانشگاهها یا یکى از اعضاى شوراى نمایندگان مقام معظم رهبرى در دانشگاهها به انتخاب آن شورا.
۷- سه نفر از شخصیتهاى علمى، فرهنگى و اجتماعى یا اعضاى هیئت علمى جهاد دانشگاهى به پیشنهاد رئیس جهاد دانشگاهى و براساس ماده ۲ اصلاحى قانون تشکیل هیئتهاى امناى دانشگاهها.
تبصره: احکام اعضاى هیئت امنا از سوى رئیس شوراى عالى انقلاب فرهنگى و به مدت چهار سال صادر خواهد شد.