نامه سید احمد خمینی به امام خمینی:
«بسمه تعالی
پدر بزرگوار حضرت امام مد ظله العالی
پس از عرض سلام، آیت‌اله موسوی اردبیلی در مورد حکم اخیر حضرتعالی در باره منافقین، ابهاماتی داشتند که تلفنی در سه سوال مطرح کردند:
۱- آیا این حکم مربوط است به آنهایی که در زندانها بوده‌اند و محاکمه شده‌اند و محکوم به اعدام گشته‌اند ولی تغییر موضع نداد‌ه‌اند و هنوز هم حکم در آنها اجرا نشده است یا آنهایی که … هم نشده‌اند محکوم به اعدام‌اند؟
۲- آیا منافقینی که قبلا محکوم به زمان محدودی شده‌اند و مقداری از زندانشان را هم کشیده‌اند ولی بر سر موضع نفاق می‌باشند محکوم به اعدام می‌باشند؟
۳- در مورد رسیدگی به وضع منافقین، آیا پرونده‌های منافقینی که در شهرستان‌هایی که خود استقلال قضایی دارند و تابع مرکز استان نیستند باید به مرکز استان ارسال گردد یا خود میتوانند مستقلا عمل کنند؟
فرزند شما- احمد»
پاسخ امام خمینی:
«بسمه تعالی
در تمام موارد فوق، هر کس در هر مرحله، اگر بر سر نفاق باشد حکمش اعدام است. سریعا دشمنان اسلام را نابود کنید.
در صورت رسیدگی به وضع پرونده‌ها، در هر صورت که حکم سریعتر اجرا گردد همان مورد نظر است.
روح‌اله الموسوی الخمینی»