فصل اول -کلیات
ماده ۱. وظائف و اختیاراتی که بموجب اصل ۹۱ الی ۹۹ و دیگر اصول قانون اساسی و سایر قوانین بر عهده شورای نگهبان قرار دارد به ترتیب مذکور در این آئین‌نامه اجرا می‌شود.
ماده ۲. کلیه آئین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌های مربوط به وظائف و اختیارات شورا در حدود قوانین به تصویب شورای نگهبان می‌رسد.
ماده ۳. شورای نگهبان دارای سازمان اداری می‌باشد که وظائف و اختیارات و نمودار تشکیلاتی آن با پیشنهاد دبیر شورا، به تصویب شورای نگهبان می‌رسد. در مورد اصلاحات و تغییرات نیز به همین ترتیب عمل می‌شود.
فصل دوم: اعضاء شورای نگهبان
ماده ۴. دوره شورای نگهبان شش ساله از مبدأ ۲۶/۴/۱۳۵۹ و دوره‌های عضویت شش ساله اعضاء با توجه به اصل ۹۲ به ترتیب ۲۶/۴/۱۳۵۹ و ۲۶/۴/۱۳۶۲ می‌باشد.
ماده ۵. هر گاه در اثناء دوره‌ای عضوی فوت نماید یا استعفاء دهد و یا عزل شود عضویت جانشین وی فقط برای بقیه مدت خواهد بود.
ماده ۶. دبیر شورا ۴۰ روز قبل از پایان مدت عضویت اعضائی که عضویتشان در شرف انقضاء است طی نامه‌ای مراتب را در مورد فقهاء به مقام معظم رهبری و در مورد حقوقدانان به رئیس قوه قضائیه اعلام می‌نماید.
ماده ۷. استعفای اعضای شورا باید کتباً به دبیر شورا اعلام شود. دبیر شورا استعفاءنامه را در اولین جلسه شورا قرائت می‌کند، چنانچه ظرف یک هفته از تاریخ قرائت استعفاء مسترد نشد، استعفاءنامه عضو فقیه به مقام معظم رهبری و استعفاءنامه عضو حقوقدان به رؤسای قوه قضائیه و قوه مقننه اعلام می‌گردد.
ماده ۸. گزارش فعالیت هر یک از اعضاء و چگونگی شرکت آنها در این فعالیت‌ها از لحاظ غیبت، تأخیر و تعطیل در جلسات اصلی شورا و مجلس و نیز کمیسیونهای آن در پایان هر دوره پس از اطلاع اعضای شورا حسب مورد به استحضار مقام معظم رهبری و رئیس قوه قضائیه می‌رسد. هر شش ماه یکبار نیز گزارش فعالیت اعضاء و غیبت و تأخیر ورود و تعجیل در خروج آنان در جلسه شورای نگهبان مطرح می‌شود.
فصل سوم: جلسات و وظائف شورای نگهبان
ماده ۹. شورا دارای جلسات عادی و فوق‌العاده خواهد بود.
ماده ۱۰. جلسات عادی شورا هفته‌ای ۲ روز (روزهای چهارشنبه صبح و بعد از ظهر و پنجشنبه صبح) تشکیل می‌شود.
ماده ۱۱. به هنگام رسیدگی به انتخابات و لایحه بودجه و موارد مشابه علاوه بر روزهای چهارشنبه و پنجشنبه تعداد جلسات لازم توسط دبیر با توافق اعضاء شورا تعیین می‌شود.
ماده ۱۲. جلسات فوق‌العاده بر حسب ضرورت بنا بر تشخیص و تصمیم دبیر شورا و یا تقاضای سه نفر از اعضاء تشکیل خواهد شد.
ماده ۱۳. جلسات شورای نگهبان با حضور ۷ نفر از اعضاء رسمی است ولی اخذ آراء جز در موارد ضروری و یا حصول رأی لازم با حضور حداقل ۹ نفر خواهد بود.
ماده ۱۴. جلسات فقهاء با حضور چهار نفر رسمی است ولی اخذ رأی جز در موارد ضروری و یا حصول رأی لازم با حضور حداقل ۵ نفر خواهد بود.
ماده ۱۵. جلسات شورای نگهبان برای تفسیر قانون اساسی با حضور حداقل ۹ نفر از اعضاء رسمیت می‌یابد ولی اخذ رأی جز در صورت حصول رأی لازم با حضور بقیه اعضاء خواهد بود.
ماده ۱۶. جلسه با تلاوت آیاتی از قرآن مجید آغاز خواهد شد و حداکثر ۱۰ دقیقه اعضاء می‌توانند نسبت به مسائل مهم روز قبل از دستور جلسه اظهارنظر نمایند.
ماده ۱۷. در مورد طرحها و لوایح فوری اعضاء شورای نگهبان پس از تصویب مجلس شورای اسلامی از مجلس خارج و بعد از مشورت، ظرف ۲۴ ساعت نظر خود را اظهار نمایند.
تبصره: در موارد فوری جلسه شورا تا رسیدن به نظریه قابل اعلام ادامه می‌یابد و اعضاء نمی‌توانند جلسه را ترک گویند.
ماده ۱۸. تفسیر اصول قانون اساسی با ارجاع مقام معظم رهبری و یا با درخواست رئیس جمهور، رئیس مجلس شورای اسلامی و رئیس قوه قضائیه و یا یکی از اعضای شورای نگهبان صورت می‌گیرد.
ماده ۱۹. اعلام مغایرت قوانین و مقررات یا موادی از آنها با شرع با توجه به اصل چهارم قانون اساسی، در هر زمان که مقتضی باشد توسط اکثریت فقهای شورای نگهبان انجام می‌یابد و تابع مدتهای مذکور در اصل نود و چهارم قانون اساسی نمی‌باشد.
سؤالهای فقهی دیوان عدالت اداری و قضات درباره مغایرت قوانین و مقررات با شرع حسب مورد از طریق رئیس دیوان و رئیس قوه قضائیه به شورای نگهبان ارسال می‌شود.
ماده ۲۰. نظرهای تفسیری شورای نگهبان به مرجع درخواست کننده تفسیر و رئیس جمهور اعلام می‌گردد و برای روزنامه رسمی و رسانه‌های همگانی فرستاده می‌شود.
ماده ۲۱. در موارد مغایرت قوانین با شرع موضوع ماده ۱۹ نظر اکثریت فقهای شورای نگهبان به رئیس جمهوری اعلام می‌شود تا از طرف وی اقدام لازم به عمل آید.
ماده ۲۲. تشخیص اینکه مورد سؤال از مصادیق تفسیر است با اکثریت شورای نگهبان است.
فصل چهارم: دبیر و قائم‌مقام و سخنگوی شورای نگهبان و وظائف آنان
ماده ۲۳. شورای نگهبان دارای یک دبیر و یک قائم‌مقام از اعضاء شورای نگهبان و یک سخنگو (از اعضاء و یا خارج از اعضاء شورای نگهبان) خواهد بود که برای مدت یک سال انتخاب می‌گردند.
ماده ۲۴. انتخاب دبیر و قائم‌مقام و سخنگو با اکثریت مطلق و رأی مخفی است و اگر بار اول اکثریت مطلق حاصل نگردید بین دو نفر که حائز اکثریت بوده‌اند انتخابات تجدید می‌شود و این بار اکثریت نسبی کافی است و در صورت تساوی آراء بیش از دو نفر در دور اول دو نفر با قرعه برای دور دوم انتخاب می‌شوند و در صورت تساوی آراء در این دور قرعه حاکم خواهد بود.
تبصره: هر گاه هیچیک از دبیر شورا و قائم‌مقام او از فقهاء انتخاب نشوند برای اداره جلسه خاص فقهاء یکی از آنان برای یک سال به طریق فوق انتخاب می‌شود.
ماده ۲۵. شورای نگهبان برای تهیه صورتجلسات و ثبت و ضبط مذاکرات یک نفر از خارج اعضاء با پیشنهاد دبیر انتخاب می‌نماید و حتی‌الامکان ایشان مسؤولیت دفتر شورای نگهبان را نیز به عهده خواهد داشت.
ماده ۲۶. سخنگو مواضع و نظرات شورا را منعکس خواهد نمود. در صورتی که شورا نشر مطلبی را صلاح نداند سخنگو از اعلام آن خودداری می‌نماید.
ماده ۲۷. در صورت فوت یا استعفاء هر یک از دبیر، قائم‌مقام و سخنگوی شورا، انتخاب هر یک از آنان در اولین جلسه برای بقیه مدت به عمل خواهد آمد.
تبصره ۱: انتخاب مجدد شخص مستعفی در صورت تمایل او بلامانع است.
تبصره ۲: بیماری و ناتوانی دبیر و قائم‌مقام و سخنگو بیش از ۲ ماه با تشخیص شورا از موجبات انتخاب مجدد است.
ماده ۲۸. شورای نگهبان هیأتی مرکب از دبیر و سخنگو و یک تن از اعضاء شورا به عنوان مشاوران اطلاع‌رسانی خواهد داشت.
ماده۲۹. سخنگوی شورای نگهبان کلیه امور اطلاع‌رسانی مربوط به وظائف و اختیارات شورا را بر عهده دارد و با توجه به نظرات شورا و مشورت با مشاوران اطلاع‌رسانی سیاست و خط‌مشی مربوط به اطلاع‌رسانی را تعیین خواهد کرد و نیز جلسات منظمی برای مشاوره در امور جاری با مشاوران خواهد داشت.
ماده ۳۰. روابط عمومی شورای نگهبان در بخش اطلاع‌رسانی زیر نظر سخنگو انجام وظیفه می‌نماید.
ماده ۳۱. مصوبات و تصمیمات شورای نگهبان از طریق دبیر یا قائم‌مقام به مراجع ذیربط اعلام خواهد شد.
ماده ۳۲. کلیه مصوبات مجلس شورای اسلامی در اولین فرصت و سؤالاتی که پاسخ به آنها در صلاحیت شورا است پس از وصول و با دستور دبیر توسط دفتر شورای نگهبان در اختیار اعضاء قرار می‌گیرد.
ماده۳۳. مصوبات و مشروح مذاکرات شورای نگهبان توسط دفتر شورا تکثیر و در اختیار اعضاء قرار می‌گیرد.
تبصره: مشروح مذاکرات مربوط به بررسی صلاحیت نامزدهای انتخابات به لحاظ رعایت حیثیت افراد محرمانه تلقی شده و انتشار آن منوط به دستور دبیر می‌باشد.
ماده ۳۴. تشکیل و اداره جلسات شورا و حفظ نظم در مذاکرات و اجرای آئین‌نامه به عهده دبیر یا قائم‌مقام است.
ماده ۳۵. دستور جلسات شورای نگهبان جز در موارد فوری حداقل ۲۴ ساعت قبل از تشکیل جلسه توسط دبیر به اعضاء اعلام می‌گردد.
ماده ۳۶. کفایت مذاکرات با پیشنهاد یکی از اعضاء مطرح و نسبت به آن رأی‌گیری به عمل می‌آید.
ماده ۳۷. کلیه مذاکرات جلسات رسمی شورا ثبت و ضبط می‌شود.
ماده۳۸. منشی جلسه، مصوبات شورا و نتیجه رأی‌گیری را با ذکر نام موافق و مخالف در صورتجلسه قید نموده و به امضاء حاضران می‌رساند.
کلیه مذاکرات روی نوار ضبط و سپس پیاده و حداکثر ظرف پنج روز در اختیار اعضاء قرار می‌گیرد.
ماده۳۹. نتیجه مذاکرات و نظرات موافق و مخالف و استدلالها از مشروح مذاکرات استخراج و زیرنظر شورای تحقیق به صورت علمی و فنی تنقیح و تدوین و منتشر می‌شود.
فصل پنجم: تعطیلات و مرخصی‌ها
ماده۴۰. اعضاء شورا می‌توانند از یک ماه مرخصی استحقاقی در سال استفاده نمایند و با اجازه دبیر استفاده از این مرخصی بصورت متوالی و با فاصله بلامانع است ولی بدون تصویب شورا نباید به بیش از دو نفر همزمان مرخصی داد.
تبصره: در صورتی که عضوی نیاز مبرم به مرخصی بیش از مدت مذکور داشته باشد باید به تصویب شورا برسد.
زمان اجرای این آئین‌نامه از ۱۳۷۹/۴/۱ خواهد بود و آئین‌نامه قبلی لغو می‌گردد.
آئین‌نامه داخلی شورای نگهبان مشتمل بر ۴۰ ماده و ۶ تبصره در جلسه رسمی مورخ ۱۳۷۹/۴/۲۲ با حضور اعضاء به تصویب رسیده است.
امضاء:
حضرت آیه‌الله رضا استادی
حضرت آیه‌الله غلامرضا رضوانی
حضرت آیه‌الله محمد مؤمن
جناب آقای دکتر علی آراد
جناب آقای سیدرضا زواره‌ای
جناب آقای احمد علیزاده
حضرت آیه‌الله احمد جنتی
حضرت آیه‌الله سیدحسن‌طاهری‌خرم‌آبادی
حضرت آیه‌الله محمد یزدی
جناب آقای دکتر حسن ابراهیم‌حبیبی
حجه‌الاسلام آقای محمدرضا عباسی‌فرد
جناب آقای محمدرضا علیزاده