ماده واحده – در اجرای اصل یکصد و هفتاد و دوم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران از تاریخ تصویب این قانون سازمان قضایی ارتش جمهوری اسلامی و کلیه دادسراها و دادگاههای نظامی مستقر در سراسر کشور از ستاد مشترک ارتش جمهوری اسلامی ایران جدا و به وزارت دادگستری ملحق می‌گردد.
تبصره ۱ – رئیس سازمان قضایی ارتش از طرف شورای عالی قضایی تعیین و به این سمت منصوب می‌شود.
تبصره ۲ – عزل و نصب و تغییر محل کار قضات ارتش با پیشنهاد رئیس سازمان قضایی ارتش و به استناد بند ۳ اصل یکصد و پنجاه و هفتم قانون اساسی با شورای عالی قضایی است.
تبصره ۳ – [اصلاحی ۱۳۶۸/۱۰/۲۶]
بودجه سازمان همه‌ساله در بودجه کل کشور در ردیف مستقل ذیل ردیف دادگستری منظور خواهد شد.
تبصره ۴ – [اصلاحی ۱۳۶۸/۱۰/۲۶]
کلیه دارائیها و اموال منقول و غیر منقول مربوط به مراجع قضایی سابق نیروهای مسلح (اداره دادرسی ارتش، دادستانی انقلاب اسلامی ارتش، دادستانی عمومی و انقلاب پاسداران) همراه با اعتبارات مربوطه از ارتش و سپاه و سایر نیروها و نهادها منتزع و به این سازمان منتقل می‌شود.
تبصره ۵ – کارمندان غیر نظامی سازمان قضایی ارتش کماکان تابع قانون استخدام کشوری خواهند بود.
تبصره ۶ – [الحاقی ۱۳۶۱/۴/۱]
از این پس سازمان قضایی فوق مسئول رسیدگی به جرائم خاص نظامی و انتظامی همه نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران، ارتش -شهربانی – ژاندارمری – سپاه – پلیس قضایی – بسیج – کمیته‌های انقلاب اسلامی و هر نیروی مسلح قانونی دیگر می‌باشد.
تبصره ۷ –
[الحاقی ۱۳۶۱/۴/۱]
[اصلاحی ۱۳۶۸/۱۰/۲۶]
تشکیلات اداری سازمان توسط وزیر دادگستری و رئیس سازمان امور اداری و استخدامی و رئیس سازمان قضایی تهیه و به تصویب ریاست قوه قضائیه خواهد رسید.
تبصره ۸ – [الحاقی ۱۳۶۱/۴/۱]
از تاریخ ابلاغ و تصویب آیین‌نامه مربوط به این قانون هیچ مرجع قضایی در نیروهای مسلح جز در رابطه با این سازمان رسمیت نخواهد داشت.
تبصره ۹ – [الحاقی ۱۳۶۱/۴/۱]
از تاریخ تصویب این قانون، نام سازمان قضایی ارتش به سازمان قضایی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران تغییر می‌یابد.
قانون فوق مشتمل بر ماده واحده و پنج تبصره در جلسه روز یکشنبه دهم آبان ماه یک هزار و سیصد و شصت مجلس شورای اسلامی تصویب و به تأیید شورای نگهبان رسیده است.
رئیس مجلس شورای اسلامی – اکبر هاشمی