هیأت وزیران در جلسه مورخ ۱۳۶۵.۶.۲۶ بنا به پیشنهاد شماره ۷۲.۱۷۲۱.۴۶۴۲ مورخ ۶۵.۳.۲۷ وزارت فرهنگ و آموزش عالی و تاییدیه وزارت امور‌اقتصادی و دارایی و وزارت برنامه و بودجه آیین‌نامه اجرایی بند الف تبصره ۱۲ قانون بودجه سال ۱۳۶۵ را به شرح زیر تصویب نمودند:
ماده ۱ ـ اعتبارات موضوع بند الف تبصره ۱۲ قانون بودجه سال ۱۳۶۵ با رعایت مقررات و ضوابط مقرر در قانون بودجه و اساس‌نامه سازمان پژوهش‌های علمی و صنعتی ایران و این آیین‌نامه قابل مصرف می‌باشد.
ماده ۲ ـ مصرف اعتبارات جاری ردیف فوق با رعایت مافوق قانون بودجه سال ۱۳۶۵ و
اساس‌نامه سازمان و براساس آیین‌نامه نحوه مصرف اعتبارات تحقیقاتی موضوع تبصره ۱۶
متمم قانون بودجه سال ۱۳۶۱ به استثنای مواد ۹، ۱۰، ۱۴ و ۱۷ آیین‌نامه فوق‌الذکر و
تبصره‌های مربوط به مواد مذکور خواهد بود.
ماده ۳ ـ اعتبارات عمرانی ردیف ۱۱۳۵۴۴ براساس قانون بودجه سال ۱۳۶۵ و مقررات عمومی دولت مصرف می‌گردد.
ماده ۴ ـ سازمان می‌تواند به میزان درآمد واریزی حاصل از فعالیت‌های موضوع مفاد
بند ج تبصره فوق‌اذکر قانون بودجه سال ۶۵ حداکثر تا مبلغ ۰۰۰،۰۰۰،۸۰ (هشتاد
میلیون) ریال با رعایت مفاد تبصره ۷ قانون بودجه سال ۱۳۶۵ از ردیف ۵۰۳۰۰۱
(هزینه‌های پیش‌بینی نشده) جهت اجرای عملیات بند “الف” تبصره ۱۲ قانون بودجه سال
1365 دریافت نموده و با رعایت ضوابط مقرر در ماده ۲ این آیین‌نامه به مصرف برساند.
تبصره ـ سایردرآمدهای سازمان تابع بندهای ت و ث تبصره ۷۵ قانون بودجه سال ۶۴ کل کشور می‌باشد.
ماده ۵ ـ مسئول امور مالی سازمان بنا به پیشنهاد ریاست شورای سازمان و موافقت و حکم وزیر فرهنگ و آموزش عالی منصوب می‌شود و مسئولیت درخواست وجه و تأمین اعتبار و پرداخت هزینه‌ها و نگهداری حساب مربوط به اعتبارات مواد ۲ و ۴ و ۶ این آیین‌نامه را عهده است.
تبصره ـ مسئول امور مالی هر استان بنا به پیشنهاد رییس مرکز استان و با حکم ریاست
شورای سرپرستی سازمان منصوب می‌گردد و عهده‌دار مسئولیت‌های مندرج در این ماده در
مورد ابواب جمعی خود می‌باشد.
ماده ۶ ـ خرید زمین از محل اعتبارات موضوع این آیین‌نامه مجاز نمی‌باشد.
ماده ۷ ـ کلیه وجوه مصرف نشده اعتبارات موضوع این آیین‌نامه باید حداکثر تا پایان فروردین ماه سال ۱۳۶۶ به حساب خزانه واریز گردد.
ماده ۸ ـ سازمان موظف است هر شش ماه یک بار گزارش عملکرد خود را به کمیسیون‌های فرهنگ و آموزش عالی، صنایع و برنامه و بودجه مجلس شورای اسلامی تقدیم نماید.
میرحسین موسوی – نخست‌وزیر