ماده ۱ – مواد ۳، ۴، ۵، ۶، ۸، ۹، و ۱۰ قانون دادرسی نیروهای مسلح مصوب ۲۲/۲/۱۳۶۴ و تبصره‌های ذیل آن بشرح زیر تغییر می‌یابد:
الف – ماده ۳ – کیفیت تشکیل و صلاحیت دادگاههای نظامی ۱ و ۲ و موارد لزوم ارسال پرونده به دیوان عالی کشور مانند کیفیت تشکیل و صلاحیت محاکم کیفری یک و کیفری ۲ می‌باشد.
ب – ماده ۴ – اولویت در تصدی سمتهای قضایی در دادگاهها و دادسراهای نظامی با حقوقدانان نظامی واجد شرایط است.
ج – ماده ۵ – هر گاه رئیس یا عضو علی‌البدل نسبت به مواردی از رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح یا رئیس سازمان قضایی حوزه مربوطه درخواست مشاور کند رئیس مکلف به اعزام مشاور است در این صورت قبل از اتخاذ تصمیم دادگاه مشاور مکلف است پرونده را دقیقاً مطالعه و بررسی نموده و نظر مشروح و مستدل خود را در اسرع وقت کتباً اعلام نماید.
د – ماده ۶ – در مراکز شهرستانها سازمان قضائی نیروهای مسلح استان مرکب از دادگاه و دادسرای نظامی و در شهرستانهای مورد نیاز ناحیه دادسرای نظامی تشکیل می‌شود. تصویب تشکیلات مزبور و تعیین تعداد شعب دادسرا و دادگاه به عهده رئیس قوه قضائیه می‌باشد.
تبصره – رئیس شعبه اول دادگاه نظامی یک هر استان به عنوان رئیس سازمان قضایی استان بر کلیه شعب دادگاه و دادسرای استان نظارت و ریاست اداری خواهد داشت.
هـ – ماده ۸ – در استانهائی که تراکم پرونده در حد تشکیل سازمان قضایی نیست با پیشنهاد رئیس سازمان قضایی و تصویب رئیس قوه قضائیه دادگاه نظامی دو مستقل با اختیارات همانند دادگاه حقوقی دو مستقل در امور کیفری تشکیل می‌شود.
و – ماده ۹ – نیروهای نظامی و انتظامی بنا به پیشنهاد رئیس سازمان قضایی مکلف به انتقال یا مأموریت حقوقدانان نظامی و پرسنل مورد لزوم به این سازمان هستند.
ز – ماده ۱۰ – رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح که ریاست شعبه یک دادگاه نظامی یک مرکز را نیز به عهده دارد، حق بازرسی و نظارت بر دادگاهها و دادسراهای نظامی سراسر کشور را داشته و عنداللزوم می‌تواند به تعداد کافی معاون داشته باشد.
تبصره – رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح می‌تواند در موارد ضروری با موافقت قاضی رسیدگی کننده در دادسرا یا دادگاه مربوطه پرونده را از شعبه رسیدگی کننده به یکی از شعب مشابه در استان دیگر احاله نماید.
ماده ۲ – تبصره‌های ۳ و ۴ و ۷ ماده واحده الحاق سازمان قضایی ارتش به دادگستری نسخ و تبصره‌های ذیل جایگزین آن می‌شود:
الف – تبصره ۳ – بودجه سازمان همه‌ساله در بودجه کل کشور در ردیف مستقل ذیل ردیف دادگستری منظور خواهد شد.
ب- تبصره ۴- کلیه دارائیها و اموال منقول و غیر منقول مربوط به مراجع قضایی سابق نیروهای مسلح (اداره دادرسی ارتش، دادستانی انقلاب اسلامی ارتش، دادستانی عمومی و انقلاب پاسداران) همراه با اعتبارات مربوطه از ارتش و سپاه و سایر نیروها و نهادها منتزع و به این سازمان منتقل می‌شود.
ج – تبصره ۷ – تشکیلات اداری سازمان توسط وزیر دادگستری و رئیس سازمان امور اداری و استخدامی و رئیس سازمان قضایی تهیه و به تصویب ریاست قوه قضائیه خواهد رسید.
قانون فوق مشتمل بر دو ماده در جلسه علنی روز سه‌شنبه مورخ بیست و ششم دی ماه یکهزار و سیصد و شصت و هشت مجلس شورای اسلامی تصویب و در تاریخ ۲۷/۱۰/۱۳۶۸ به تأیید شورای نگهبان رسیده است.
رئیس مجلس شورای اسلامی – مهدی کروبی