فصل اول: کلیات
ماده ۱ – نام: مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) که در این اساسنامه به اختصار “مؤسسه” نامیده می‌شود.
ماده ۲ – محل اصلی مؤسسه: قم.
تبصره – مؤسسه می‌تواند شعب یا نمایندگیهایی در داخل و یا خارج از کشور تأسیس کند.
ماده ۳ – مؤسسه، نهادی است حوزه‌ای و دارای شخصیت حقوقی رسمی و مستقل که تحت نظارت عالیه مقام رفیع ولایت فقیه و ولی امر مسلمین اداره می‌شود.
ماده ۴ – بودجه مؤسسه از ناحیه مقام معظم رهبری و وجوه شرعی و کمکهای دولت و افراد خیر و منابع دیگر تأمین می‌شود.
فصل دوم: اهداف
ماده ۵ – اهداف و وظایف مؤسسه:
1 – به کارگیری معارف اسلامی در زمینه‌های مختلف علوم انسانی.
2 – آشنا ساختن طلاب و فضلای جوان و مستعد با مبانی اعتقادی و معارف اسلامی و علوم
انسانی.
3 – تربیت متخصص با برخورداری از آگاهیهای کافی در زمینه‌های معارف اسلامی و علوم انسانی که صلاحیت علمی لازم را برای مقابله با اندیشه‌های انحرافی و التقاطی داشته باشند.
4 – تربیت متخصص در رشته‌ها مختلف علوم انسانی که بر مبانی اعتقادی اسلام و علوم حوزه‌ای نیز تسلط کافی داشته باشند.
5 – پرورش محققین صاحب نظری که بتوانند در حوزه‌های مختلف علوم انسانی به پژوهش و تحقیق پردازند و در هر زمینه دیدگاه‌های اسلام را تبیین‌کنند.
6 – تربیت هیأت علمی مجرب و متعهد برای مراکز مختلف آموزشی حوزه و دانشگاه.
فصل سوم: ارکان
ماده ۶ – ارکان:
1 – مؤسس
2 – ریاست
3 – هیأت امناء
4 – هیأت رییسه
۱ – ۶ – مؤسس آیت‌الله تقی مصباح‌یزدی است که دارای این وظایف است:
1 – تهیه اساسنامه مؤسسه و ارائه آن به مراجع ذیصلاح.
2 – ترسیم خط مشی و جایگاه مؤسسه و اخذ مجوزهای لازم برای شروع ایفای وظایف از مراجع ذیصلاحیت.
3 – اخذ مجوز جهت اعطای مدرک رسمی برای مقاطع تحصیلی مؤسسه.
4 – انتخاب هیأت امناء و پیشنهاد آنها به مقام معظم رهبری برای تأیید.
5 – تأمین مکان و فضای مناسب برای شروع فعالیتهای مؤسسه.
6 – راه‌اندازی فعالیتهای مؤسسه و ارائه گزارش شروع به کار آن به مقام معظم رهبری و اجرای رهنمودهای معظم‌له پس از افتتاح مؤسسه و گزارش به مقام معظم رهبری، وظایف مؤسسه خاتمه یافته تلقی می‌شود.
۲ – ۶ – رییس مؤسسه را مقام معظم رهبری انتخاب می‌کند و دارای این وظایف و اختیارات است.
تبصره – رییس می‌تواند شخصی را به عنوان قائم مقام خود منصوب کند.
۱ – اداره کلیه امور مؤسسه بر اساس رهنمودهای مقام معظم رهبری.
2 – هدایت فعالیتهای مؤسسه و نظارت بر اجرای امور آن.
3 – پیشنهاد توسعه و یا توقف فعالیتهای مؤسسه و یا انحلال آن به مقام معظم رهبری.
4 – امضای کلیه قراردادها و اسناد و ترازنامه‌های مؤسسه.
5 – امضای احکام اعضای شورا – رؤسای شاخه‌ها و مراکز تحقیقاتی وابسته به مؤسسه.
6 – پیشنهاد تغییر اعضای هیأت امناء.
۳ – ۶ – هیأت امنای مؤسسه مرکب از رییس و ۴ نفر از شخصیتهای برجسته و صلاحیتدار می‌باشد که با پیشنهاد رییس مؤسسه و تأیید مقام معظم رهبری برای ۴ سال انتخاب می‌شوند و دارای وظایف و اختیارات ذیل می‌باشند:
1 – تعیین سیاستها و خط مشی کلی مؤسسه.
2 – نظارت بر حسن اجرای امور مؤسسه و مراکز وابسته به آن.
3 – بررسی و برآورد نیازهای داخل و خارج از کشور در راستای فعالیتها و اهداف مؤسسه و تهیه طرح‌های مناسب برای تأمین آنها جهت تصویب مقام معظم رهبری.
4 – بررسی طرق توسعه فعالیتها و منابع تأمین بودجه مؤسسه.
5 – شناسایی مراکز علمی و فرهنگی داخل و خارج از کشور و بررسی طرق همکاری با آنها.
6 – تصویب پیشنهادهای مطرح شده از طرف هیأت رییسه مؤسسه.
تبصره – ریاست هیأت امناء به عهده رییس مؤسسه می‌باشد.
۴ – ۶ – هیأت رییسه مؤسسه مرکب از رییس، معاونان و مسئولان مراکز تحقیقاتی وابسته به مؤسسه است با این اختیارات و وظایف:
1 – بررسی و تدوین طرحها و برنامه‌های جامع آموزشی و تحقیقاتی، اداری و مالی مؤسسه.
2 – بررسی و تعیین میزان احتیاج و شرایط هیأت علمی.
3 – بررسی و تعیین تعداد و شرایط پذیرش دانش‌پژوه.
4 – تصویب جداول حقوقی و مزایای کارکنان و هیأت علمی و دانش‌پژوهان.
5 – تصویب آیین‌نامه‌ها و مقررات داخلی مؤسسه.
6 – پیشنهاد تأسیس رشته‌های جدید آموزشی و مراکز پژوهشی به هیأت امناء.
7 – تأیید صلاحیت افرادی که از طرف معاونان برای تصدی مشاغل مدیریتی پیشنهاد می‌شوند.
ماده ۷ – این اساسنامه در سه فصل و ۷ ماده و ۳ تبصره و ۳۱ بند در جلسه ۳۶۶ مورخ ۷۴.۱۰.۵ شورای عالی انقلاب فرهنگی به تصویب رسید.