[نامه آقای سید علی خامنه‌ای، رئیس جمهور، به امام خمینی:
… پیشنهاد مشخص این جانب که قبلًا نیز کتباً و شفاهاً معروض گردیده، این است که:
1- کلیه امور مربوط به نیروهای مسلح، ارتش، سپاه، ژاندارمری اعم از عملیات، پشتیبانی، امور سازمانی و اداری و غیره به شخص واحدی مفوض و محول گردد.
۲- شخص مزبور از سوی حضرت عالی موظف گردد که امور را از نزدیک و با قاطعیت تمشیت کند.
۳- دادگاه نیروهای مسلح موظف گردد که در تعقیب قضایی متهمین و اجرای محکومیتها به طور کامل از نظر و دستور وی تبعیت کند. با توجه به همه جوانب، به نظر این جانب، تنها فرد مناسب برای تصدی این مسئولیت مهم، جناب آقای هاشمی رفسنجانی است.]
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب حجت الاسلام آقای حاج شیخ علی اکبر هاشمی رفسنجانی – دامت افاضاته
با توجه به درگیری رویاروی امریکای جهانخوار علیه اسلام و ایران و هماهنگی غرب و شرق و ارتجاع منطقه در مبارزه با انقلاب اسلامی و جلوگیری از پیروزی اسلام، به پیشنهاد رئیس جمهور محترم، جناب حجت الاسلام آقای خامنه‌ای – دامت افاضاته جنابعالی را با تمام اختیارات به جانشینی فرماندهی کل قوا منصوب می‌نمایم. و جنابعالی موظف به اجرای دستورات ذیل می‌باشید:
۱- ایجاد ستاد فرماندهی کل تا تهیه زمینه وحدت کامل
۲- هماهنگی کامل ارتش، سپاه، بسیج و نیروهای انتظامی در تمامی زمینه‌های دفاع مقدس اسلام. بدیهی است انسجام و ادغام مورد قبول و صحیح ادارات و سازمانهای مربوط و پشتیبانی‌کننده در هماهنگی نیروهای مسلح نقش اساسی را دارا خواهند بود.
۳- تمرکز صنایع نظامی و تهیه ما یحتاج دفاع مقدسمان و انسجام امکانات تعمیراتی، پشتیبانی، فنی، مهندسی، رزمی، آموزشی و تحقیقاتی و نیز بسیج همه امکانات و ابزار در جهت اهداف مشخص از سوی فرماندهی کل.
۴- سعی در استفاده هر چه بهتر از امکانات و نیروها؛ و جلوگیری از به کار گرفتن امکانات مادی و معنوی در غیر موارد ضروری. و در همین راستا، حذف یا ادغام سازمانها و تشکیلات تکراری و غیر ضروری.
۵- تمرکز امور تبلیغی و فرهنگی نیروهای مسلح در تمام زمینه‌ها.
۶- استفاده درست و قاطع از قوانین دادگاه نظامی در زمان جنگ و تنبیه متخلف در هر رده.
۷- بهره‌برداری صحیح از کمکهای مردمی در تمامی زمینه‌ها.
قوای مقننه و اجراییه و قضاییه موظفند تمامی امکانات و سیاستهای خود را در جهت نیازهای جنگ به کار گیرند.
از مردم عزیز ایران و نیروهای نظامی و انتظامی می‌خواهم تا با صبر و شکیبایی انقلابی و با قدرت و استقامت در مقابل توطئه‌های استکبار جهانی ایستادگی نمایند؛ و مطمئن باشند که پیروزی از آنِ صابران است. جهان امروز غرق در نامردمیها و حیله‌هاست؛ و شما یاران اسلام در اوج قداست و شرافت می‌باشید. من به همه شما دعا می‌کنم، خداوند یار و پشتیبان مبارزانِ راه خدا باد. توفیق جنابعالی را از خدای تعالی مسالت دارم.
و السلام علیکم و رحمه الله
روح الله الموسوی الخمینی